Sự phản đối chế độ nô lệ của cô gần đây đã trở thành một chủ đề được quan tâm. Bản thân Isabel là một chủ nô nổi tiếng, như truyền thống của dòng dõi cô, nhưng cô đã giải phóng tất cả nô lệ của mình trước khi qua đời.

Vào tháng 7 năm 1526, Cortés trao cho Alonso de Grado, chồng của Isabel, vị trí "Visitador Real" - một kiểm toán viên lưu động có thẩm quyền thực thi quyền tư pháp và hành pháp nhân danh vương quyền - của Tân Tây Ban Nha. De Grado được giao nhiệm vụ cụ thể là đến thăm tất cả các thành phố và làng mạc, để "tìm hiểu về quá trình Cơ đốc hóa và đảm bảo rằng các luật đối xử tốt với người da đỏ - Luật Burgos - đều được tôn trọng. Ông ta phải truy tố và trừng phạt chế độ nô lệ bất hợp pháp. Ông ta tập trung vào việc nô lệ bất hợp pháp người bản xứ, cũng như các tranh chấp giữa các công chức Tây Ban Nha và chính quyền địa phương - bản xứ, và ông có thẻ bắt giam bất kỳ người Tây Ban Nha nào phản đối mình".[11] Alonso qua đời khi đang thực hiện nhiệm vụ này.

Isabel có mối liên hệ chặt chẽ với luật mới thông qua chồng cô. Người ta cho rằng ban đầu bà không hài lòng với những nỗ lực của người Tây Ban Nha nhằm áp đặt các giới hạn trong quyền sở hữu và đối xử với nô lệ.[12] Bất chấp việc cơ quan luật pháp ngày càng cố gắng hạn chế hoặc dập tắt chế độ nô lệ bản địa ở Tân Tây Ban Nha mà chồng bà bị buộc tội thi hành. Với tư cách là quý tộc bản địa, bà có đặc quyền giữ lại những nô lệ mà bà sở hữu trước cuộc chinh phục và đối xử với họ "theo cách của mình". bà thậm chí còn bị hạn chế quyền lực trong việc điều chỉnh các quy tắc ở vùng đất theo đặc quyền encomienda của mình. Bà đã sử dụng đặc quyền này và sở hữu một số lượng lớn nô lệ bản địa trong suốt cuộc đời mình. Tuy nhiên, đến cuối đời, bà đã giải phóng tất cả họ, bà cũng đảm bảo rằng họ được cung cấp phương tiện để sinh sống khi được tự do, điều này đã được ghi rõ trong di chúc.[13]

Nguyên nhân dẫn đến sự thay đổi quan điểm này là không chắc chắn, nhưng đã đặt cơ sở cho việc miêu tả gần đây về bà như một "nhà hoạt động" chống chế độ nô lệ và là người mẹ của nền độc lập bản địa trong một số lĩnh vực tư tưởng.[14] "Tôi muốn, và tôi ra lệnh, và đó là ý chí của tôi, rằng tất cả nô lệ của tôi, đàn ông và phụ nữ người châu Mỹ bản địa, sinh ra từ vùng đất này, những người mà Juan Cano, chồng tôi và tôi coi là của riêng mình, trong phạm vi quyền của tôi đối với họ, sẽ thoát khỏi thân phận làm nô lệ, và với tư cách là những người tự do, họ sẽ làm những gì họ muốn, vì tôi không coi họ là nô lệ; vì vậy nếu họ là (nô lệ), tôi sẽ và ra lệnh cho họ được tự do".[15]